Em 2018, o então presidenciável Jair Bolsonaro levantou forte a bandeira do combate à corrupção, com ela a promessa de abrir a caixa preta do BNDES e expor possíveis irregularidades e corrupção dentro do banco.
O BNDES gastou R$ 48 milhões em relatório de investigação externa referente a operações entre o banco e as empresas JBS, Bertin e Eldorado, entre os anos de 2005 a 2018. A auditoria não encontrou indícios de corrupção em oito operações investigadas.
No dia 10 de dezembro de 2019, o banco divulgou relatório que indicou que não foram encontradas evidências diretas de corrupção, influência indevida sobre a instituição ou pressão por tratamento diferenciado na negociação, aprovação e/ou execução das oito operações investigadas.
A Caixa Preta do BNDES foi combustível muito utilizado nas eleições de 2018 por alguns candidatos à presidência da república, pela facilidade de empresas que obtiveram vantagens para conseguir empréstimos. Essa é mais uma perda para o governo de Bolsonaro, uma vez que o presidente sempre teve um discurso forte ao falar e popularizar o termo ABRIR A CAIXA PRETA DO BNDES, e contava encontrar altas irregularidades e corrupção dentro da instituição, o que não aconteceu.
